Apollo Theatre poprvé otevřelo své brány v roce 1901 s americkou hudební komedií The Belle of Bohemia. Byl to více než trefný začátek – tato budova (v pořadí čtvrtý divadelní dům postavený na Shaftesbury Avenue) byla totiž od základu navržena právě pro hudební produkce. Hudební komedie na scéně Apolla dominovaly až do roku 1912, kdy změna uměleckého směřování otevřela dveře pestřejšímu repertoáru. Díky tomu se zde představila díla uznávaných autorů, jako byli Sean O’Casey, Ivor Novello, Noel Coward nebo Terrance Rattigan. V roce 1932 prošla budova rekonstrukcí pod vedením architekta Schaufelberga, během níž byl k proslulému královskému balkonu (Royal Box) přistavěn soukromý foyer a salonek. Od té doby si divadlo víceméně zachovalo svou původní tvář. Jednu ze svých nejúspěšnějších ér divadlo zažilo v roce 1962 s komedií Boeing-Boeing, která se po velkém úspěchu v roce 1965 přesunula do Duchess Theatre. Jen o pár let později zde sklidil obrovský aplaus sir John Gielgud ve hře Forty Years On od Alana Bennetta – na prkna Apolla se pak tento ikonický herec vrátil v roce 1988 v jednom ze svých posledních divadelních vystoupení. V roce 1975 divadlo zakoupila skupina Stoll Moss Group a následně jej v roce 2000 prodala společnostem Really Useful Group a Bridgepoint Capital. V roce 2005 se majiteli Apolla stali Nica Burns a Max Weitzenhoffer, kteří založili společnost Nimax Theatres. Počátek 21. století přinesl na tuto scénu řadu uznávaných titulů, včetně dramatu Všichni moji synové s Davidem Suchetem, kritiky opěvované hry Jerusalem (která po dvou úspěšných sezónách v Apollu triumfovala i na Broadwayi) nebo oceněné inscenace Podivný případ se psem. Těsně před Vánocemi 2013 však došlo k nešťastné události – během představení Podivného případu se psem se zřítila část stropu, což vedlo k několikaměsíčnímu uzavření divadla. Viníkem byla podle vyšetřování stárnoucí viktoriánská architektura. Provoz byl obnoven inscenací Let The Right One In, přičemž poškození zakryl falešný strop a horní balkon zůstal během probíhajících oprav uzavřen.